La razón es porqué la temporada 2 no existe en el canon (Oficial), fue relleno. Hay que descartarla.
En la temporada 1, sólo es oficial hasta la parte del arco de Agni y Soma, ya después no tiene continuidad en el manga. Puedes pasar directo al 'Libro del Circo' después del arco de Agni y así poder seguir el hilo de continuidad.
Espero haberte aclarado.